El colegio fue fundado el 27 de junio de 1948, como anexo del Colegio Nacional Nuestra Señora de Guadalupe, es decir, para albergar a los alumnos excedentes de este colegio. Durante el gobierno del general Manuel A. Odría asumió la categoría de Gran Unidad Escolar, siendo uno de los beneficiarios del vasto plan de dicho gobierno (conocido después como el Ochenio) a favor de la ampliación e implementación de diversos centros educativos en toda la República. Fue bautizado con el nombre del poeta y figura prócer de la Independencia del Perú, Mariano Melgar (1790-1815).
Se funda el 20 de Abril del con el Proyecto Educativo 1948 R.D. N con su Primer Director Enrique Lizárraga Escalante. A partir de los inicios de 1950 en la Revolución de Arequipa, el General A. Odría plantea la creación de una Gran Unidad Escolar para la ciudad de Arequipa, bajo el Proyecto de Grandes Unidades Escolares en todo el país en virtud al D. L es así que bajo el D.S. 046 del 1 de diciembre de se ordena la creación y construcción de la G.U.E. Mariano Melgar Valdivieso en un área de 75000m2 comenzando a funcionar el 20 de abril de 1953, con la participación del Prefecto Sr. Fernando Gamio Palacios, el alcalde de la ciudad Ing. Alberto de Rivera La I. E. cuenta con los tres niveles educativos Inicial, Primaria y Secundaria con un promedio aproximado de 1400 estudiantes
La Institución Educativa Emblemática Gran Unidad Escolar Mariano Melgar Valdivieso es una institución que atiende en tres niveles educativos: nivel de educación inicial, primaria distribuidos en 12 secciones y el nivel de educación secundaria con el Nuevo Modelo de Servicio Educativo Jornada Escolar Completa, distribuidos en 35 secciones, con un total promedio de 1,500 estudiantes en los tres niveles educativos.
La Institución Educativa Gran Unidad Escolar Mariano Melgar cuenta con una nueva infraestructura que ha sido construida en 2014 a través del Programa Nacional de Infraestructura Educativa PRONIED, cuenta con ambientes destinados para aulas, aulas TIC, laboratorios de ciencias, laboratorios de inglés (secundaria) y talleres para los niveles de educación inicial (inicial), bibliotecas; además, cuenta con campos deportivos: estadio, coliseo, piscina y lozas deportivas.
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